旧サイトにFAQとして記載していたものですが、紛失するともったいないので記録しておきます。当時はほとんど情報がなく試行錯誤で解析したVisual Studio Installer 1.1の情報。

vsi_regedit
場所 [HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SessionManager\Environment]

・DataType=3(vsirdtEnvironmentString)で設定したい環境変数名の値を作成し、値を設定する。
・すでに存在する環境変数名を指定した場合は、Valueの値で上書きされる。上書きしたくない場合は、Valueの値に新規の値と[%環境変数名]を併記すれば良い。
・ここで設定した環境変数は、アンインストール時に既存の環境変数ごと削除されてしまうので、Path環境変数等の設定にはSDKのOrcaを使用し、Environmentテーブルを挿入すると良い。

たとえば、Path環境変数を設定する場合
 Name=Path
 Path.Value=[TARGETDIR];[%Path]