旧サイトにFAQとして記載していたものですが、紛失するともったいないので記録しておきます。当時はほとんど情報がなく試行錯誤で解析したVisual Studio Installer 1.1の情報。

vsi
ファイルシステムの「ユーザーの[スタート]メニュー」にショートカットを作成すると[スタート]メニュー内に作成されてしまう。これを通常の[スタート]-[プログラム]メニュー内にショートカットを作成するには以下の操作を行なう。

操作方法
(1) ファイルシステムエディタの「ターゲットマシン上のファイルシステム」を右クリックし、[特別なフォルダの追加]-[カスタム]を選択する。
(2) プロパティ(デフォルトでは「NEWFOLDER」)を「ProgramMenuFolder」に変更する。
(3) 上記で作成したフォルダが[スタート]-[プログラム]メニューになるので、[フォルダの追加]や[ショートカットの作成]で項目を追加する。